És la causa més habitual d’avortament, superior al 50% de tots als avortaments, i es dona sobretot al principi de l’embaràs. La majoria són per trisomies -quan en una parella de cromosomes n’hi ha 3 enlloc de 2, per triploïdia –tots els cromosomes triplicats- o per monosomia X –aquí falta una altre X o una Y. Les trisomies més freqüents son les dels cromosomes 16, 22, 15, 21 i 13. Son habitualment d’origen matern per problemes de separació dels cromosomes durant la meiosi. El risc d’alguna d’aquestes trisomies augmenta amb l’edat de la mare o en patologies que afectin els ovaris –l’endometriosi es creu que podria ser una causa de més risc. La monosomia X, en canvi, seria més sovint de caus paterna.

La majoria d’aquestes anomalies apareixen “de novo” i no tenen per tant un mecanisme d’herència genètica. De totes maneres, si es repeteixen, cal descartar en els pares no tinguin alteracions estructurals en els cromosomes, com ara translocacions i inversions, que comportarien més risc d’avortament de repetició i infertilitat. Si es donés aquesta situació una possible solució seria fer una FIV amb diagnòstic genètic dels embrions abans de transferir-los a l’úter.

Les causes infeccioses suposen el 15% en el cas d’avortaments d’abans de les 12 setmanes, però fins al 66% més endavant. Es donen més en països en vies de desenvolupament, però algunes malalties com ara el citomegalovirus son freqüents als països occidentals. En persones que viatgen cal tenir en compte les malalties infeccioses dels països que es visiten i que poden afectar l’embaràs. Hi ha àrees de risc pera virus del Zika i Malària. Cal evitar aliment no cuinats en països on és freqüent la Toxoplasmosi, Listèria, Brucel·la, etc.

Durant l’embaràs ja es dona de forma natural una tendència a que la sang coaguli més. En algunes malalties hereditàries, que sovint la dona no sap que pateix, aquest tendència s’incrementa i pot comportar l’obstrucció o l’insuficient desenvolupament dels vasos sanguinis que nodreixen el fetus a través del cori i després de  la placenta. Això dificultaria la implantació de l’embrió i augmentaria el risc d’avortament i mort fetal. Si la patologia es coneix prèviament es pot fer tractament per mirar d’evitar o per reduir els problemes.

En algunes malalties autoimmunes, en que el sistema de defensa està hiperactiu i la dona fabrica anticossos contra òrgans propis, l’embrió es pot veure afectat. De vegades es coneix de quina malaltia es tracte i es pot fer un tractament estàndard per reduir la resposta immunitària. En altres, en que no es coneix, es pot fer un tractament equivalent, però no deixa de ser experimental i l’èxit no esta garantit.

En algunes parelles es pot donar un grau d’incompatibilitat entre la dona i l’home que suposi un risc d’avortament de fins al 35%. Els tractaments que es proposen per solucionar el problema no deixen de ser experimentals i tenen el seu risc i cost.